Празднование установлено 1 сентября старого стиля, 14 сентября нового стиля.

Икона Божией Матери Черниговская-Гефсиманская является списком с прославленной Черниговской-Ильинской иконы Божией Матери, была передана в 1852 году в Троице-Сергиеву Лавру Александрой Григорьевной Филипповой. (К ней эта икона перешла как благословение хотьковского священника Иоанна Алексеева, которому, в свою очередь, она досталась от одного из монахов Троице-Сергиевой Лавры.)

По совету наместника Лавры архимандрита Антония икона была помещена в новоустроенном пещерном храме в честь святого Архистратига Михаила, который был освящен 27 октября 1851 года митрополитом Московским Филаретом, принимавшим деятельное участие в строительстве Гефсиманского скита. Таким образом, икона впитала благодатные токи всей истории Русской Церкви, она стяжала благословения преподобного Антония Печерского, Преподобного Сергия Радонежского, его родителей, схимонахов Кирилла и Марии, и, наконец, подвижников XIX в.

Первое чудо от этой иконы было засвидетельствовано в день церковного Новолетия - 1 сентября 1869 года, когда от полного расслабления, продолжавшегося в течение 9 лет, исцелилась 28-летняя крестьянка Тульской губернии Фекла Адрианова. Прожив в гостинице при пещерах, а потом в Лавре до празднования преставления Преподобного Сергия (25 сентября), Фекла совершенно выздоровела. Святитель Иннокентий, митрополит Московский (1797 - 1879; память 23 сентября и 31 марта), узнал о чуде от своей дочери, казначеи Борисовской пустыни, монахини Поликсении. На празднике Преподобного Сергия он сам встретился с Феклой и расспрашивал ее обо всех обстоятельствах исцеления. 26 сентября 1869 года святитель Иннокентий прибыл в Гефсиманский скит и благословил совершить молебное пение пред прославившейся иконой и сам молился со слезами.

До 26 сентября произошло еще три благодатных исцеления и целый ряд чудес в ноябре того же года. Слава иконы Божией Матери распространялась с необычайной быстротой. Измученные страданиями и болезнями, жаждущие телесного и духовного исцеления, люди самых разных сословий с твердой верой шли к чудотворной иконе, и милость Божия не оставляла их. К началу XX в. было засвидетельствовано более 100 чудес. Большим почитанием пользовалась икона у подвижников Гефсиманского скита: у схимонаха Филиппа (+ 18 мая 1868), основавшего пещеры, у его трех сыновей - иеросхимонахов Игнатия (+ 1900), Порфирия (+ 1905?) и Василия (+ 1 апреля 1915). Сохранились сведения о той глубокой любви, которую проявлял к Черниговской-Гефсиманской иконе старец иеромонах Исидор (+ 3 февраля 1908). Первоначально празднование иконе было установлено 16 апреля, в тот же день, что и празднование Черниговской-Ильинской иконе, а затем перенесено на день прославления - 1 сентября. Ныне в Троице-Сергиевой Лавре известны чтимые списки с Черниговской-Гефсиманской иконы в храме в честь Преподобного Сергия, в монастырской трапезной и в притворе Троицкого собора, писанные старцами Гефсиманского скита и Зосимовой пустыни.

В 1922 году после закрытия Гефсиманского скита икона была перенесена в Москву в храм во имя Преподобного Сергия Радонежского в Рогожской слободе. Когда в 1938 году храм закрыли, а большинство икон сожгли во дворе, чудотворный образ удалось спасти и передать в благочестивую семью из Подмосковья, но после этого след иконы теряется. Ныне в Гефсиманском скиту почитается список Черниговской Гефсиманской иконы Пресвятой Богородицы.

Драгоценные украшения и различные привески на иконе, величественный собор, воздвигнутый над пещерами и ныне реставрируемый по усердию верующих, облагодетельствованных чудесной помощью Богоматери, являются самыми красноречивыми свидетелями бесчисленных чудес, совершившихся здесь от Ее дивной иконы. Поэтому в настоящее время всякий богомолец, посещающий Свято-Троицкую Сергиеву лавру, считает своим долгом посетить также и Гефсиманский Черниговский скит, чтобы поклониться находящейся там чудотворной Черниговской иконе Божией Матери.